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自然资源部第三海洋研究所（简称海洋三所）成立于1959年，是中华人民共和国自然资源部直属的国家公益一类综合型海洋科学研究机构，位于福建省厦门市。
研究所主要从事海洋基础研究、应用研究和高新技术研究，重点发展深海生物研究与海洋生物资源开发利用、全球变化与区域海洋响应、海洋生物多样性与生态系统保护、应用海洋学四个学科领域等研究方向；同时，研究所是国家海洋标准委员会生物资源开发与保护分技术委员会、中国海洋学会海洋生物资源专业委员会、中国海洋工程咨询协会环境生态专业委员会、中国太平洋学会危险品与放射性评估分会、中国生态学会海洋生态专业委员会以及福建省海洋学会的依托单位。
根据2019年3月研究所官网显示，自然资源部第三海洋研究所有编制505人；拥有10个研究部门及厦门海洋工程勘察设计研究院；有在读硕、博士研究生160多人。
